Хранитель экрана показывает прогресс каждой траектории в то время, как это случается:" "
Есть 4 поля, показывающие форму цепочки белка." msgid "RAH_VIZ_SEARCH" msgstr "\"Searching...\" (Поиск...) - показывает перемещения, которые Розетта пробует сделать с цепочкой. " "Вы можете видеть форму цепочки, следуя за цветами радуги от синего до красного." msgid "RAH_VIZ_ACCEPTED" msgstr "\"Accepted\" (Принято) - показывает последнее принятое перемещение." msgid "RAH_VIZ_LOW" msgstr "\"Low Energy\" (Низкая Энергия) - показывает форму с самой низкой энергией, замеченной в текущей траектории." msgid "RAH_VIZ_NATIVE" msgstr "\"Native\" (Естественное состояние) - показывает экспериментально определенную истинную форму (если известно)." msgid "RAH_VIZ_G" msgstr "Есть также два графа и диаграмма, которые прослеживают энергию и rmsd каждого принятого перемещения." msgid "RAH_VIZ_ACCEPTED_E" msgstr "\"Accepted Energy\" (Принятая Энергия) - граф, показывающий энергию каждого принятого перемещения в этой " "траектории. (Ось X - прогресс в траектории, ось Y - энергия)" msgid "RAH_VIZ_RMSD" msgstr "\"RMSD\" показывает, насколько близка к правильному ответу принимаемая структура в настоящее время. (Ось X - RMSD, ось Y - прогресс)" msgid "RAH_VIZ_RMSD_E" msgstr "Последнее поле, в правом нижнем углу, составляет график энергии и RMSD каждого принятого перемещения. " "Они - тот же самый вид графиков, который показан на странице %sлучших предсказаний%s. " "Но в отличие от этого, Вы видите их для каждого *принятого* перемещения в течение траектории. Графики на странице " "лучших предсказаний составлены только из сворачиваний с низкой энергией от каждой траектории. " ######################################### # rah_research.php ######################################## msgid "RAH_RESEARCH_TITLE_A" msgstr "Предсказание и проектирование макромолекулярных структур и взаимодействий" msgid "RAH_RESEARCH_INFO" msgstr "Для получения информации о $PROJECT, %sнажмите сюда%s" msgid "RAH_RESEARCH_INTRO_A" msgstr "Цель нашего текущего исследования состоит в том, чтобы разработать улучшенную модель внутри- и межмолекулярных " "взаимодействий и использовать эту модель для предсказания и проектирования макромолекулярных структур и взаимодействий. " "Приложения для предсказания и проектирования, которые могут представлять большой биологический интерес в их собственном праве, " "также обеспечивают строгие и объективные тесты, которые улучшают модель и увеличивают фундаментальное понимание." msgid "RAH_RESEARCH_INTRO_B" msgstr "Мы используем компьютерную программу по имени Розетта, чтобы выполнять вычисления белка и дизайна. В ядре Розетты " "имеются потенциальные функции для вычисления энергии взаимодействий в пределах и между макромолекулами, и методы для " "поиска структуры с самой низкой энергией для последовательности аминокислот (предсказание структуры белка) или комплекса белок-белок, " "и для поиска последовательности аминокислот с самой низкой энергией для белка или комплекса белок-белок (проектирование белка). " "Обратная связь от тестов предсказания и проектирования используется непрерывно, чтобы улучшить потенциальные функции и алгоритмы поиска. " "Развитие одной компьютерной программы для обработки этих разнообразных проблем имеет значительные преимущества: " "во-первых, различные приложения обеспечивают дополнительные тесты основной физической модели (фундаментальная физика / физическая химия, " "конечно, одна и та же во всех случаях); во-вторых, многие проблемы, представляющие текущий интерес, типа проектирования гибкого базового " "белка и стыковки белок-белок с базовой гибкостью, вовлекают комбинацию различных методов оптимизации." msgid "RAH_RESEARCH_DESIGN_TITLE" msgstr "Проектирование структуры белка" msgid "RAH_RESEARCH_DESIGN_A" msgstr "В течение последних нескольких лет мы использовали наш вычислительный метод проектирования белка, чтобы существенно " "стабилизировать несколько маленьких белков, перепроектируя каждый остаток их последовательностей, чтобы перепроектировать " "устройство основы белка, преобразовать мономерный белок в strand-swapped dimer, и термостабилизировать фермент. " "Основным моментом была модернизация пути сворачивания белка G, маленького белка, содержащего две бета-шпильки, " "отделенные альфа-спиралью. В белке естественного происхождения, разрушена первая шпилька, а вторая шпилька сформирована " "на скорости, ограничивающей шаг в сворачивании. В перепроектированном варианте, в котором значительно стабилизирована " "первая шпилька и дестабилизирована вторая шпилька, порядок событий полностью изменен: первая шпилька сформирована, " "а вторая шпилька разрушена в состоянии сворачивающегося перехода. Способность перепроектировать сворачивающие белок пути " "рационально показывает, что наше понимание детерминантов сворачивания белка значительно продвинулось." msgid "RAH_RESEARCH_DESIGN_B" msgstr "Особенно захватывающее с недавних пор - создание новых белков с произвольно выбранными трехмерными структурами. " "Мы развивали общую вычислительную стратегию для того, чтобы создать эти структуры белка, которая включает полную гибкость " "основы в оптимизацию ротамер-базирующейся последовательности. Это было достигнуто объединением в Розетте предсказания " "структуры белка методом ab initio, обработки энергии атомного уровня, и проектирования последовательности. " "Процедура использовалась для проектирования белка с 93 остатками по имени TOP7 с новой последовательностью и топологией. " "TOP7, как определили, был мономерным и свернут, и рентгенокристаллическая структура TOP7 удивительно похожа " "(RMSD = 1.2 Å; см. правую группу рисунка 1) на проектную модель. Проект нового шаровидного сворачивания белка и " "близкое соответствие кристаллической структуры с проектной моделью имеет широкие значения для проектирования белка и " "предсказания структуры белка и открывает дверь в исследование больших областей вселенной белка, еще не наблюдаемых в природе." msgid "RAH_RESEARCH_DESIGN_PPI_TITLE" msgstr "Проектирование белок-белковых взаимодействий" msgid "RAH_RESEARCH_DESIGN_PPI_A" msgstr "Чтобы расширить эти методы на белок-белковые взаимодействия и особенно на модернизацию специфики взаимодействия, " "мы выбрали высоко-подобный комплекс из colicin E7 дезоксирибонуклеаза и ее родственного ингибиторного имунного белка в " "качестве системы-образца. Мы использовали физическую модель, описанную выше и модификацию нашей вычислительной проектной " "стратегии на основе поиска ротамеров, чтобы произвести новые пары белка ингибитора дезоксирибонуклеазы, предсказанных, " "чтобы сильно взаимодействовать друг с другом, но не с белками дикого типа. Разработанные белковые комплексы имеют " "субнаномолярные сходства, функциональные и определенные в естественных условиях, и имеют больше на порядок " "в различии свойств между родственными и неродственными парами в искусственных условиях. " "Этот подход должен быть применим к проектированию взаимодействующих пар белка с новыми спецификами для того, " "чтобы описать и воспроизвести сети взаимодействия белка в живых клетках." msgid "RAH_RESEARCH_DESIGN_PPI_B" msgstr "В сотрудничестве с исследовательскими группами Барри Стоддарда (Barry Stoddard) и Рея Монната (Ray Monnat) " "(%sИсследовательский центр Рака Фреда Хачинсона - Fred Hutchinson Cancer Research Center%s), мы произвели искусственную, " "высокоспецифичную эндонуклеазу, плавя области возвращающихся эндонуклеаз I-DmoI и I-CreI с помощью вычислительной " "оптимизации нового интерфейса домен-домен между их обычно невзаимодействующими белками. Получившийся фермент, E-DreI " "(Engineered I-DmoI/I-CreI), связывает длинный химерный целевой участок ДНК с наномолярными свойствами, раскалывая его " "точно по норме, эквивалентной его естественным родителям. Мы в настоящее время пробуем произвести новые эндонуклеазы, " "расширяя нашу методологию проектирования на интерфейсы белок-нуклеиновая кислота, чтобы перепроектировать интерфейс белок-ДНК." msgid "RAH_RESEARCH_DESIGN_PPI_C" msgstr "В обеих из этих систем было возможно определить рентгенокристаллические структуры разработанных комплексов. " "Как в случае TOP7, фактические структуры оказались очень похожими на спроектированные модели (рисунок 1, левая группа), " "что утверждает точность нашего подхода моделирования с высокой разрешающей способностью." msgid "RAH_RESEARCH_PRED_PS_TITLE" msgstr "Предсказание структуры белка" msgid "RAH_RESEARCH_PRED_PS_A" msgstr "Картина сворачивания белка, которая мотивирует наш подход в предсказании третичной структуры белка ab initio, - " "это то, что последовательно-зависимые местные взаимодействия смещают сегменты цепочки к типовым отличным наборам местных " "структур, и что нелокальные взаимодействия выбирают самые низкие свободно-энергетические третичные структуры из многих " "формаций, совместимых с этими местными уклонами. В осуществлении стратегии, предложенной этой картиной, мы используем " "различные модели, чтобы рассмотреть локальные и нелокальные взаимодействия. Вместо того, чтобы применять физическую модель " "для локальных отношений структура-последовательность, мы обращаемся к базе данных белков и берем распределение локальных " "структур, принятых короткими сегментами последовательностей (длиной меньше 10 остатков) в известных трехмерных структурах " "как приближение к распределению структур, выбранных изолированными пептидами с соответствующими последовательностями." msgid "RAH_RESEARCH_PRED_PS_B" msgstr "Рассматриваемые первичные нелокальные взаимодействия - hydrophobic burial, электростатика, водородная связь главной цепи, " "и исключенный объем. Структуры, которые являются одновременно совместимыми и с локальными уклонами структуры последовательности, " "и с нелокальными взаимодействиями, произведены при использовании моделируемого отжига, чтобы минимизировать " "нелокальную энергию взаимодействия в месте, определенном локальными структурными распределениями." msgid "RAH_RESEARCH_PRED_PS_C" msgstr "Розетта была проверена в двухлетних экспериментах %sCASP%s (критическая оценка предсказания структуры), в которых " "предсказателям бросают вызов сделать слепые предсказания структур принятыми последовательностями белка, структуры которых " "были определены, но еще не изданы. Начиная с CASP3 в 1998, Розетта последовательно была главным методом выполнения " "для предсказания ab initio, как сообщено независимыми экспертами. В эксперименте CASP4, например, Розетта была проверена на 21 белке. " "Предсказания для этих белков, которые испытывают недостаток в обнаружимом подобии последовательности любому белку " "с предварительно определенной структурой, имели беспрецедентную точность и последовательность. (Некоторые примеры показаны на рисунке 2.) " "Превосходные предсказания были также сделаны в экспериментах CASP5 и CASP6. Поощренные этими многообещающими результатами, " "мы произвели модели для всех больших семей белка длиной меньше 150 аминокислот." msgid "RAH_RESEARCH_PRED_PS_D" msgstr "Основным моментом CASP6 было первое de novo слепое предсказание, которое использовало нашу методологию обработки " "с высокой разрешающей способностью, чтобы близко достигнуть точности с высокой разрешающей способностью. Относительно " "короткая последовательность (76 остатков) позволила нам применять нашу методологию все-атомной обработки не только к " "естественной последовательности, но также и к последовательности многих гомологов. Центр группы структур с самой низкой энергией, " "как оказалось, был удивительно близок к естественной структуре (1.5 Å; рисунок 3). Протокол обработки с высоким разрешением " "уменьшил RMSD с 2.2 Å до 1.5 Å, а боковые цепи упаковываются в ядре белка в манере, отчасти подобной естественной (рисунок 3, правая группа)." msgid "RAH_RESEARCH_PRED_PS_E" msgstr "Мы расширили стратегию ab initio Розетты для предсказания структуры на проблему использования ограниченных экспериментальных данных, " "чтобы произвести модели белков. Включая химическое смещение и информацию NOE и более позднюю информацию двухполюсного сцепления " "в процедуру генерации структуры Розетты, мы были в состоянии произвести намного более точные модели, чем с предсказанием одной " "структуры ab initio или используя те же самые ограниченные наборы данных с методологии генерации структуры обычным ядерным магнитным резонансом (ЯМР). " "Захватывающяя недавняя разработка состоит в том, что процедура Розетты может также использовать в своих интересах неназначенные данные ЯМР и " "следовательно обойти трудный и утомительный шаг назначения спектров ЯМР." msgid "RAH_RESEARCH_PRED_PS_F" msgstr "Метод ab initio структурного предсказания Розетты, ЯМР метод определения структуры на базе Розетты, и новый метод " "для сравнительного моделирования, которые используют de novo подход Розетты для моделирования части структуры (прежде всего длинные петли), " "которые не могут быть смоделированы точно, основаны на шаблоне структуры гомолога, были все осуществлены в общественном сервере " "по имени %sRobetta%s. Этот сервер, который имеет постоянное отставание пользователей во всем мире, был одним из лучших " "среди всех полностью автоматизированных серверов предсказания структуры в тестах CASP6 и CASP5." msgid "RAH_RESEARCH_PRED_PPI_TITLE" msgstr "Предсказание белок-белковых взаимодействий" msgid "RAH_RESEARCH_PRED_PPI_A" msgstr "В течение множества лет мы воздействовали на обработку структуры белка - стимулирующая проблема из-за большого " "количества степеней свободы. Мы заинтересовались белок-белковой стыковкой потому, что два партнера, приблизительно, " "не подвергаются существенным конформационным изменениям в течение стыковки, место, которое будет обследовано - " "шесть степеней свободы твердого тела в дополнение к степеням свободы боковой цепи - является намного меньшим. " "В то время как это само по себе важно, эта проблема - хороший твердый шаг к более сложной проблеме обработки структуры." msgid "RAH_RESEARCH_PRED_PPI_B" msgstr "Мы разработали новый метод, чтобы предсказать белок-белковые комплексы из координат несвязанных мономерных компонентов. " "Этот метод реализует твердотельный, с низким разрешением, поиск Монте Карло, сопровождаемый одновременной оптимизацией " "смещения основы и устройств боковой цепи с процедурой минимизации Монте Карло и физической моделью, используемой " "в нашей работе предсказания структуры с высокой разрешающей способностью. Одновременная оптимизация степеней свободы " "боковой цепи и твердого тела контрастирует с большинством других текущих подходов, которые моделируют белок-белковую " "стыковку как проблему соответствия формы твердого тела, с боковыми цепями, хранящимися установленными. Мы недавно " "улучшили метод (RosettaDock), разработав алгоритм, который позволяет эффективное осуществление выборки не-ротамер устройств боковой цепи во время стыковки." msgid "RAH_RESEARCH_PRED_PPI_C" msgstr "Сила RosettaDock была выдвинута на первый план в недавнем соревновании %sКАПРИ%s по слепой белок-белковой стыковке, " "которое было проведено в декабре 2004г. В КАПРИ предсказателям дают структуры двух белков, известных, что они формируют " "комплекс, и предлагают предсказать структуру комплекса. Предсказания RosettaDock для целей без существенных конформационных " "изменений основания были поразительны, как показано на рисунке 4. Были не только ориентации твердого тела двух партнеров, " "предсказанных почти совершенно, но также и почти все боковые цепи интерфейса были смоделированы очень точно. Эти правильные " "модели ясно выделились энергетически ниже, чем все другие модели, которые мы произвели, что предполагает, что потенциальная функция достаточно точна." msgid "RAH_RESEARCH_PRED_PPI_D" msgstr "Эти многообещающие результаты предполагают, что данный метод может скоро стать полезным для того, чтобы произвести " "модели биологически важных комплексов из структур изолированных компонентов, и более широко предполагают, что моделирование " "с высокой разрешающей способностью структур и взаимодействий является в пределах досягаемости. Ясная цель для нашей работы " "предсказания мономерных структур состоит в том, чтобы достичь уровня точности этих моделей." msgid "RAH_RESEARCH_IMPROV_TITLE" msgstr "Улучшение физической модели" msgid "RAH_RESEARCH_IMPROV" msgstr "Наш текущий подход в улучшении энергетических функций вовлекает комбинацию квантовых химических вычислений на " "простых образцовых составах, традиционных подходах молекулярной механики, и анализа белковых структур. Мы использовали " "такой подход, чтобы разработать улучшенный потенциал водородной связи. Особо известный результат состоит в том, что " "зависимость ориентации водородной связи в квантовых химических вычислениях на формамидных димерах является удивительно " "похожей на замеченную в водородных связях боковая цепь - боковая цепь в структурах белка, но отличной от этого в силовых полях " "в текущей молекулярной механике, которая пренебрегает ковалентным характером водородной связи. Обратная связь от " "вычислений предсказания и проектирования обеспечила непрерывный стимул и руководство для улучшения энергетической функции; " "например, несоответствия в нашей обработке белок-белковых взаимодействий привели к недавнему развитию ротамер-базирующейся модели " "для установленных водой водородных связей." msgid "RAH_RESEARCH_FUTURE_TITLE" msgstr "Планы на будущее" msgid "RAH_RESEARCH_FUTURE_A" msgstr "Наши методы предсказания и проектирования теперь достигли пункта, где они могут быть применены к важным биологическим проблемам. " "Особенно обнадеживает после годов работ над моделированием с высоким разрешением близость к предсказаниям с атомарным разрешением " "структур комплексов в КАПРИ (рисунок 4), вновь предсказание 1.5-Å в CASP6 (рисунок 3), и близкое согласие для TOP7 (рисунок 1, справа) " "и проектных моделей белок-белкового интерфейса (рисунок 1, слева) с рентгенокристаллическими структурами. " "Эти результаты говорят о том, что моделирование с высоким разрешением начинает работать." msgid "RAH_RESEARCH_FUTURE_B" msgstr "За следующие несколько лет, мы стремимся улучшать и расширять наши методы. Мы особенно сосредоточены на улучшении " "точности предсказания структуры с высокой разрешающей способностью (которая требуется, если модели должны быть вообще полезными). " "Чтобы достичь этого, мы будем работать, чтобы улучшить основную физическую модель и методологию осуществления выборки. " "Мы также развиваем улучшенные методы, чтобы предсказать и перепроектировать специфику взаимодействия белок-ДНК, и " "расширяем нашу методологию проектирования белка на проектирование ферментов, которые катализируют химические реакции, " "не катализируемые белками естественного происхождения." msgid "RAH_RESEARCH_END" msgstr "Пожалуйста посетите наш вебсайт по адресу %s для дополнительной информации, включая список наших исследовательских публикаций." msgid "RAH_RESEARCH_FIG_A" msgstr "Рисунок 1: Проект белков и белок-белковых взаимодействий с высокой разрешающей точностью. " "Сравнение проектной модели и кристаллической структуры (слева) интерфейса новой разработанной эндонуклеазы с новой " "спецификой раскола ДНК, и (справа) вновь разработанный белок TOP7. " "
Левая группа, Таня Кортемм (Tanja Kortemme). Правая группа, Готам Дантас (Gautam Dantas)." msgid "RAH_RESEARCH_FIG_B" msgstr "Рисунок 2: Слепые предсказания структуры белка от CASP3 и CASP4." "
A: Слева кристаллическая структура фактора транскрипции MarA, связанного с ДНК; справа наша лучшая предложенная модель в CASP3. " "Несмотря на многие неправильные детали, полное сворачивание предсказано с достаточной точностью, чтобы позволить понять суть способа связывания ДНК.
" "B: Слева кристаллическая структура bacteriocin AS-48; в середине наша лучшая предложенная модель в CASP4; " "справа структурно и функционально связанный белок (NK-lysin), идентифицированный с использованием этой модели в поиске " "на основе структуры в Банке данных Белка (PDB). Структурное и функциональное подобие не распознаются с использованием " "методов сравнения последовательности (идентичность между двумя последовательностями - только 5 процентов).
" "C: Слева кристаллическая структура второй области MutS; в середине наша лучшая предложенная модель для этой области в CASP4; " "справа структурно связанный белок (RuvC) со связанной функцией, распознанной с использованием модели в поиске на основе структуры PDB. " "Подобие не было распознано с использованием сравнения последовательности или методов распознавания сворачивания. " "
Изображение: Рич Боннео (Rich Bonneau)" msgid "RAH_RESEARCH_FIG_C" msgstr "Рисунок 3: первое, близкое к разрешению атомного уровня, слепое ab initio предсказание структуры - CASP6 T281. " "Методология обработки с высоким разрешением, описанная в тексте, произвела образцовый 1.5-Å RMSD от кристаллической " "структуры (левая группа), с аспектами естественной упаковки боковой цепи (правая группа). " "
Изображение: Фил Брадлей (Phil Bradley)" msgid "RAH_RESEARCH_FIG_D" msgstr "Рисунок 4: Результаты белок-белковой стыковки КАПРИ (критическая оценка предсказанных взаимодействий). " "Суперпозиция структур предсказанного (синий) и рентгеновского (красный и оранжевый) белкового комплекса. Зеленый - " "боковая цепь, устройство которой было правильно предсказано, чтобы измениться после сложного формирования. " "Верхняя группа, целый комплекс. Нижняя группа, детали интерфейса. В дополнение к ориентации твердого тела, " "устройства большинства боковых цепей предсказаны правильно. " "
Изображение: Ора Фурман (Ora Furman)" #EOF