msgid "" msgstr "" "Project-Id-Version: RAH Spanish sp.po\n" "POT-Creation-Date: \n" "PO-Revision-Date: 2006-12-23 05:29+0100\n" "Last-Translator: J Murdoch \n" "Language-Team: \n" "MIME-Version: 1.0\n" "Content-Type: text/plain; charset=iso-8859-15\n" "Content-Transfer-Encoding: 8bit\n" "X-Poedit-Language: Spanish\n" "X-Poedit-Country: CHILE\n" "X-Poedit-SourceCharset: iso-8859-15\n" # The charset used for the text in this file (please try to use UTF-8 if possible) msgid "CHARSET" msgstr "iso-8859-1" # The name of this language in this language msgid "LANG_NAME_NATIVE" msgstr "Español" # The name of this language in an international language (English) msgid "LANG_NAME_INTERNATIONAL" msgstr "Spanish" ########################################## # Language: English (International) # FileID : # Author : Arnaud # Email : # Last update: 11.06.2006 ########################################## # For more information please see: # http://boinc.berkeley.edu/translate.html ########################################## ######################################### # Front page (index.php, header.php, footer.php) ######################################### # Note: Be careful with the Angstrom sign: Å. It's possible that you see – or Ã, instead in this file # (problem between unicode utf8 and iso 8859-1 in Kate, the KDE Text Editor and the HTML of the Rosetta web site). # Try Unicode utf8 or iso 8859-15 if you have this problem. msgid "RAH_WHAT_IS" msgstr "Que es $PROJECT?" msgid "RAH_PROJ_DESC" msgstr "$PROJECT necesita su ayuda para determinar las formas tri-dimensionales de las proteinas a traves de investigaciones cientificas experimentales que pueden finalmente llevar a descrubrir remedios para algunas grandes enfermedades humanas. Haciendo trabajr el programa Rosetta en su ordenador mientras no lo esta usando, usted puede ayudarnos a agilizar y extender nuestra investigacion de una manera que nosotros no podriamos intentar sin su ayuda. Usted también estara cooperando en nuestros esfuerzos de disenar nuevas proteinas para luchar contra enfermedades tales como el HIV, la Malaria, el Cancer, y el Alzheimer (Vea nuestro %sInvestigaciones relacionadas a enfermedades%s para mas informacion). Por favor %sjoin us%s participe en nuestros esfuerzos! $PROJECT es sin fin de lucro." # Join Rosetta@home part msgid "RAH_JOIN_TITLE" msgstr "Participe en $PROJECT" msgid "RULES_POLICIES" msgstr "Politicas y normas" msgid "SYS_REQ" msgstr "Requerimientos del sistema" msgid "DOWN_INST" msgstr "Descargar, instalar y ejecutar BOINC" msgid "DOWN_INST_A" msgstr "Introduzca la direccion URL" msgid "RAH_WELCOME" msgstr "Una bienvenida de la parte de David Baker" # About part msgid "RAH_TEN_REASONS" msgstr "10 razones por qué los participantes adhieren a Rosetta@home " msgid "RAH_GRAPHICS_GUIDE" msgstr "Guia rapida a $PROJECT y Sus Graficos" msgid "FAQ" msgstr "Foro de preguntas ya respondidas" msgid "SCIENCE_FAQ" msgstr "Foro de preguntas cientificas ya respondidas" msgid "RAH_DISEASE" msgstr "Investigaciones relacionadas a enfermedades" msgid "RAH_RESEARCH_OVERVIEW" msgstr "Vision General" msgid "RAH_CYBERSCIENCE" msgstr "David Baker Profile%s - Protein Folding (UW Cyberscience Symposium Article)" msgid "RAH_NEWS_ART" msgstr "Noticias; Articulos acerca de Rosetta" msgid "RAH_JOURNAL" msgstr "Diario de $PROJECT de David Baker" msgid "TECH_NEWS" msgstr "Noticias tecnicas" # Returning participants part msgid "RAH_RETURN_PART_TITLE" msgstr "Participantes ya inscritos" msgid "YOUR_ACCOUNT" msgstr "%sSu cuenta%s - ver estadisticas, modificar preferencias" msgid "TEAMS" msgstr "%sEquipos%s - Crear o adherir a un equipo" msgid "APPS" msgstr "Aplicaciones" msgid "SERVER_STATUS" msgstr "Estado del Servidor" msgid "ADD_ONS" msgstr "Utilitarios desarrollados por otros participantes" # Community part msgid "MSG_BOARDS" msgstr "Foros de mensajes" msgid "Q_AND_A" msgstr "Preguntas y respuestas" msgid "PART_PROF" msgstr "Perfil de participantes" msgid "IMAGES" msgstr "Imagenes" msgid "LANGUAGES" msgstr "Idiomas" # Statistics part msgid "DISABLED" msgstr "desactivado" msgid "RUNNING" msgstr "funcionando" msgid "TOP_PART" msgstr "Mejores Participantes" msgid "TOP_COMP" msgstr "Mejores Ordenadores" msgid "TOP_TEAMS" msgstr "Mejores Equipos" msgid "TOP_PREDICTIONS" msgstr "Mejores Predicciones" msgid "UOTD" msgstr "Participante del dia" # For down time msgid "RAH_MAINTENANCE" msgstr "$PROJECT esta temporalmente desconectado por mantencion." msgid "RAH_MAINTENANCE_TRY_AGAIN" msgstr "Por favor reintentar mas tarde." ################################ # Often used ################################ msgid "PROTEINS" msgstr "Proteinas" msgid "PROTEIN_FOLDING" msgstr "Plegamiento de proteinas" msgid "PROTEIN_STRUCT_PRED" msgstr "Prediccion Estructural de la Proteina" msgid "PROTEIN_DESIGN" msgstr "Diseno de la proteina" msgid "INTRODUCTION" msgstr "Introduccion" msgid "NEWS" msgstr "Noticias" msgid "MORE" msgstr "Mas" msgid "NEWS_AVAILABLE_RSS" msgstr "Noticias disponibles en %sRSS feed%s." msgid "HOME" msgstr "Pagina inicial" msgid "JOIN" msgstr "Adherir" msgid "ABOUT" msgstr "Sobre" msgid "PARTICIPANTS" msgstr "Participantes" msgid "COMMUNITY" msgstr "Comunidad" msgid "STATISTICS" msgstr "Estadisticas" msgid "RAH_HEAD_LOGIN" msgstr "login/salir" msgid "BACK_TO_TOP" msgstr "Volver arriba" ############################################ # rah_about.php page ########################################### msgid "RAH_ABOUT_A" msgstr "Creemos que estamos acercandonos cada vez mas a predecir con exactitud y a disenar las estructuras y los complejos proteinicos, uno de los huesos santos de la biologia informatica. Pero para poder demostrar esto, necesitamos de una inmensa cantidad de recursos informaticos, una cantidad mayor que la que pueden ofrecer los mas grandes super computadores del mundo. Esto es solo posible a través de un esfuerzo conjunto de voluntarios como usted." msgid "RAH_ABOUT_MORE" msgstr "Para mayor informacion, cliquee en los siguientes enlaces:" msgid "RAH_ABOUT_WHY" msgstr "Porqué predecir y disenar las estructuras y los complejos proteinicos?" msgid "RAH_ABOUT_B" msgstr "Las proteinas son las maquinas moleculares y los bloques constructores de la vida. Sus funciones e interacciones son criticos para la estructura quimica y biologica de todo organismo viviente. La funcion de la proteina y como interactua con otras moleculas es en gran parte determinado por su forma (la estructura tri-dimensional). Las proteinas son inicialmente sintetizadas como largas cadenas de amino acidos y, en su gran mayoria, no pueden funcionar de una manera adecuada sin antes plegarse en estructuras globulares compleja. Comprender y predecir las reglas que gobiernan este complejo proceso de plegamiento - que implica el plegamiento del backbone principal y el empaquetamiento de las cadenas moleculares laterales de los amino acidos - es uno de los problemas centrales de la biologia. Saber como las proteinas se pliegan e interactuan con otras moleculas y determinar sus funciones podria finalmente ayudar a descubrir nuevos medicamentos y curar enfermedades humanas. Actualmente, millones de dolares son utilizados en esfuerzos en %sstructural genomics%s genomica estructural para determinar las estructuras y complejos de las proteinas utilizando rayos-x cristalografia y resonancia magnetica nuclear (NMR). Si esto pudiese efectuarse informaticamente, reduciria inmensamente el costo y revolucionaria la biologia estructural. El diseno de las estructuras y complejos de proteinas tambien ofrece importantes beneficios practicos y cientificos. Si pudiese disenarse estructuras completamente nuevas, potencialmente podrian disenarse nuevas maquinarias moleculares - proteinas que efectuarian nuevas funciones como terapeuticas, catalistas etc... Y finalmente, existe la cuestion evolucionaria de si acaso los plegamientos que existen en la naturaleza son el limite de lo que es posible; o si acaso existen plegamientos bien diferentes que tambien son posible. Comprender las reglas que gobiernan el plegamiento y el diseno de las proteinas podria ayudar a responder esta cuestion." msgid "RAH_ABOUT_WIKI" msgstr "Por favor visite los siguientes enlaces de Wikipedia para mas informacion general sobre:" msgid "RAH_ABOUT_ACCURACY" msgstr "Cuan exactas son nuestras predicciones?" msgid "RAH_ABOUT_C" msgstr "Rosetta ha sido senalada en varias ocasiones como uno de los mejores metodos para predecir las estructuras tri-dimensionales de las proteinas en el Critical Assesment of Techniques for Protein Structure Prediction (%sCASP%s), y tambien ha sido exitoso en %sCAPRI%s, el Critical Assessment of Prediction of Interactions. %sA highlight%s of CASP6 ha sido la primera prediccion de novo a ciegas que utilizo nuestra metodologia de refinamiento de alta resolucion para lograr una casi exacta alta-resolucion. La relativamente corta secuencia (76 residuos) nos permitio aplicar nuestra metodologia de refinamiento a todo el atomo no solo a la secuencia nativa pero tambien a la secuencia de muchos homologos. El centro del cluster de estructuras de menor energia resulto estar muy cerca de la estructura nativa (1.5 Å). El refinamiento de alta-resolucion disminuyo el RMSD de 2.2 Å a 1.5 Å, y el paquete lateral de cadenas de una manera semblable al nativo en el nucleo de la proteina. En CAPRI, se les da a los predictores las estructuras de dos proteinas conocidas por formar un complejo, y se les desafia a predecir la estructura de ese complejo. %sOur predictions%s Nuestras predicciones para objetos sin cambio conformacional de backbone importantes fueron sorprendentes. No solo la orientacion de los cuerpos rigidos de los dos asociados fueron predictados casi perfectamente pero tambien casi todas las cadenas laterales de interface fueron modeladas precisamente. Nuestros metodos de diseno tambiens han demostrado producir resultados precisos. Recientemente es particularmente excitante la creacion de proteinas nuevas con estructuras tri-dimensionales escogidas arbitrariamente. Por ejemplo, nuestros metodos fueron utilizados para disenar una proteina con 93 residuos llamada %sTOP7%s con una nueva secuencia y topologia. TOP7 ha demostrado ser monomerico y plegado, y la estructura cristal rayo-x de TOP7 es increiblemente similar (RMSD of 1.2 Å) al modelo del diseno." msgid "RAH_ABOUT_FUTURE" msgstr "Planes para el futuro" msgid "RAH_ABOUT_D" msgstr "Nuestros metodos seran probados en los futuros experimentos de CASP y CAPRI e implementados en nuestro servidor de prediccion de estructura de proteinas de disponibilidad publica, %sRobetta%s, que es actualmente utilizado gratuitamente por cientos de cientificos academicos alrededor del mundo, y ha demostrado ser en los recientes experimentos CASP, uno de los mejores servidores de prediccion de estructura totalmente automatizado. Si hay una cantidad suficiente de participantes $PROJECT, planeamos tambien usar $PROJECT para proveer recursos informaticos que reduciran el periodo de espera para la prediccion de estructuras en el servidor Robetta y nos permitira de agregar mas funcionalidad, tal como diseno y docking, que por el momento no podemos proveer debido a recursos informaticos limitados. Integrando Robetta y $PROJECT, los voluntarios como usted no solo ayudaran en nuestros esfuerzos, tambien ayudaran en forma directa a los cientificos alrededor del mundo en la investigacion critica en cuestiones biomedicas tales como el cancer, SARS, HIV/AIDS, malaria y muchos otros." msgid "RAH_ABOUT_FEEDBACK" msgstr "Feedback a participantes" msgid "RAH_ABOUT_E" msgstr "No le gustaria a usted, como participante, saber los resultados de las predicciones realizadas en su computador - cuan preciso fue su mejor modelo, que resultado dio la comparacion con otros, a que se parecio al final, a quien y como ayudo ? Planeamos proveer tal informacion en el sitio web de $PROJECT, y cuando posible, proveer enlaces a las predicciones solicitadas por los cientificos a través del servidor Robetta. Usted ya puede mantenerse al corriente de la cantidad de trabajo computacional (\"credits\") que usted ha donado y ya puede compararlo a aquel de otros en nuestra %sstatistics page%s" msgid "RAH_ABOUT_MOVIES" msgstr "Visualise videos Windows Media de las predicciones de Rosetta" msgid "RAH_ABOUT_F" msgstr "%sfolding Ubiquitin%s (file size 4M), %sre-packing side-chains of TOP7%s (file size 2.4M), %sand %sselecting optimal side-chain rotamers for TOP7 (design)%s (file size 4.7M)." msgid "RAH_ABOUT_MOVIES_CREDIT" msgstr "Nota: se requiere Windows Media Player para visualizar. Los videos fueron creados por Jens Meiler." ############################################ # rah_welcome.php page ########################################### msgid "RAH_WELC_TITLE" msgstr "Una bienvenida de la parte de David Baker" msgid "RAH_WELC_A" msgstr "Bienvenido/a a $PROJECT de computacion distribuida y gracias por participar con nosotros!" msgid "RAH_WELC_B" msgstr "Usted estara ayudando a resolver uno de los problemas mas antiguos en biologia molecular: el problema de \"protein folding." msgid "RAH_WELC_C" msgstr "Las Proteinas son las maquinas miniatura que realizan casi todas las funciones mas importantes en su cuerpo. Como con cualquier maquina, comprender como trabajan las proteinas requiere comprender cuales son sus estructuras. Se sabe desde hace mas de 40 anos que las estructuras de las proteinas son determinadas completamente por su secuencia de amino acidos, y conocemos las secuencias de los amino acidos de todas las proteinas en el genoma humano gracias al recientemente finalizado proyecto sobre el genoma humano. Sin embargo, hasta solo recientemente, parecia casi imposible informatizar las estructuras de las proteinas a partir de las secuencias de los amino acidos, y resolver este problema ha sido algo asi como el \"Holy Grail\" cientifico." msgid "RAH_WELC_D" msgstr "Como usted ya habra leido en las noticias y en revistas cientificas, hemos logrado en los ultimos seis meses un progreso importante y por primera vez parece posible computarizar las estructuras de las proteinas a partir de sus secuencias. Lograr esto seria un impacto inmenso en nuestra comprension de como funciona la biologia, y mas importante aun, podria llevarnos a descubrir nuevas terapias y vacunas para ayudar a sanar enfermedades. El impedimento mayor es la gran cantidad de tiempo informatico que se necesita para resolver el problema." msgid "RAH_WELC_E" msgstr "Podria explicar el problema informatico con una analogia. Imaginese que usted es un explorador del espacio y que ha encontrado un planeta nuevo, y se le ha dicho que lo que usted ha siempre estado buscando se encuentra en el valle mas profundo de la superficie de ese planeta. Como hace usted para encontrar el punto mas bajo? Una posibilidad seria aterrizar en algun punto de ese planeta, y comenzar la busqueda desde alli. Sin embargo, si el planeta es muy grande, es poco probable que usted haya aterrizado suficientemente cerca de ese valle profundo como para encontrarlo. Por ejemplo, si usted aterrizase sobre la Tierra, es poco probable que usted aterrizase suficientemente cerca de las ribas del Mar Muerto como para encontrarlo en su exploracion - seria mas probable que usted se encontrase en otro continente, quizas explorando los Himalayas o el desierto del Sahara. Pero si usted tuviese 10.000 entusiasmados exploradores, y cada uno de ellos fuera enviado en paracaidas a distintas partes del planeta, en busqueda del lugar menos elevado de la region donde se encuentran, y que le enviasen a usted informacion sobre el lugar menos elevado que hayan encontrado. Sus posibilidades de encontrar lo que anda buscando serian mayores, y a mas grande cantidad de exploradores que usted pueda enviar a explorar, mayores seran las posibilidades de exito." msgid "RAH_WELC_F" msgstr "Ahora, en nuestro caso, el espacio que buscamos no es la superficie de un planeta, pero el conjunto de todas las estructuras posibles que pueda tener una proteina. Existe una gran cantidad de estructuras posibles ya que hay mas de cien lugares diferentes donde la proteina puede doblarse o plegarse de forma diferente. Notablemente, a pesar de la gran cantidad de posibilidades, las proteinas se pliegan en estructuras unicas y bien definidas, que les permiten realizar sus funciones biologicas. La particularidad especial de estas \"folded\" estructuras es que poseen una energia inferior a cualquiera de las otras estructuras que la proteina podria adoptar. Asi es que, en vez de buscar el lugar menos elevado, buscamos la estructura de menor energia, pero conceptualmente el problema es muy similar al ejemplo dado en el parrafo anterior." msgid "RAH_WELC_G" msgstr "De esta manera, usted puede imaginar lo que su computador esta haciendo... Al principio del calculo, se lanzara en paracaidas a una region del paisaje energetico escogido al azar, y luego buscara el punto energetico mas bajo en el vecindario. Al final, enviara al servidor la estructura mas baja en energia que encontro, junto a la energia de esta estructura. Nuestro servidor comparara las energias de todas las estructuras de baja energia enviadas por los procesadores participantes, y la estructura de mas baja energia sera identificada." msgid "RAH_WELC_H" msgstr "Inicialmente, aprovecharemos el hecho de que algunas estructuras de baja energia ya han sido determinadas para algunas proteinas utilizando tecnicas experimentales complicadas, caras y laboriosas, que no intentaré explicar aqui. Compararemos la estructura de mas baja energia encontrada con la estructura determinada experimentalmente, y veremos si son iguales. Una vez que hayamos calculado cuanto necesitamos buscar (cuantos procesadores y por cuanto tiempo) para estar seguros de encontrar la estructura de mas baja energia, usaremos el metodo de computarizar las estructuras de proteinas importantes que no tienen estructuras conocidas. Usted habra ayudado en este \"Holy Grail\" de la investigacion biologica." msgid "RAH_WELC_I" msgstr "Ahora, si usted ha seguido este ejemplo, se habra dado cuenta que la solucion ultima - la estructura de mas baja energia - sera encontrada por un solo precesador. Esto es como ganar la loteria, ya que el espacio es tan grande y hay tantas posibilidades. Como en la loteria, mientras mas tiempo pase su computador en la busqueda mas aumentan las posibilidades de que gane. Nosotros indicaremos cada vez el computador ganador para cada uno de los problemas de prediccion, y el poseedor recibira una notificacion especial y el credito. Vea nuestra %sTop Predictions%s pagina para mas informacion." msgid "RAH_WELC_J" msgstr "Esperamos que vuestra cooperacion les sea agradable, y que soliciten a todas sus amistades y relaciones de unirse en este esfuerzo - esta es una de las cuestiones abiertas cientificas mas importantes actualmente que puede potencialmente ser resuelta por la computacion distribuida en gran escala." msgid "RAH_WELC_K" msgstr "Nuestros agradecimientos nuevamente por ayudar en nuestro proyecto!!" msgid "RAH_WELC_L" msgstr "Profesor de Bioquimica en la Universidad de Washington " msgid "RAH_WELC_M" msgstr "Howard Hughes Investigador en el Medical Institute." msgid "RAH_WELC_DAVID_PROF" msgstr "Perfil de David Baker" ###########################################" # rah_science_faq.php ########################################## #QC=Question C, AC=Answer C msgid "RAH_SC_FAQ_A" msgstr "Por Vanita Sood" msgid "RAH_SC_FAQ_QA" msgstr "Que es Rosetta?" msgid "RAH_SC_FAQ_AA" msgstr "Rosetta es un programa de prediccion de la estructura y diseno de las proteinas." msgid "RAH_SC_FAQ_QB" msgstr "Que es una proteina?" msgid "RAH_SC_FAQ_AB" msgstr "Una proteina es un polimero de amino acidos codificado por un gene." msgid "RAH_SC_FAQ_QC" msgstr "Qué son los amino acidos?" msgid "RAH_SC_FAQ_AC" msgstr "Los amino acidos son partes quimicas que forman los bloques de construccion basica de las proteinas. Existen 20 diferentes amino acidos que son especificados por el codigo genético. Estos 20 amino acidos se hallan en diferentes grupos segun sus propriedades quimicas : acido o alcalino, hidrofilico (ama el agua) o hidrofobico ( es graso)." msgid "RAH_SC_FAQ_QD" msgstr "Que hacen las proteinas?" msgid "RAH_SC_FAQ_AD" msgstr "Las proteinas ejecutan varias funciones esenciales en las celulas de los organismos vivos. Las proteinas reproducen y mantienen el genoma (DNA), ayudan al crecimiento y division de las celulas, y les empiden de crecer demasiado, le dan a la celula su identidad (por ej. higado, neurona, pancreatica, etc...) ayudan a las celulas a comunicarse entre ellas. Las proteinas, cuando en mutacion o afectadas por toxinas pueden tambien causar enfermedades, tales como el cancer o alzheimer. Bacterias o virus proteinicos pueden secuestrar una celula y matarla. En resumen, las proteinas hacen de todo." msgid "RAH_SC_FAQ_QE" msgstr "Como ejecutan las proteinas todas sus diferentes funciones?" msgid "RAH_SC_FAQ_AE" msgstr "Cada proteina se pliega en una forma tri-dimensional unica. Esta estructura especifica la funcion de la proteina. Por ejemplo, una proteina que descompone la glucosa de manera que la celula pueda utilizar la energia que se encuentra en el azucar, tendra una forma que reconocera la glucosa y se unira a ella (como una cerradura y una llave). Tendra amino acidos quimicamente reactivos que reaccionaran con la glucosa y la descompondran, liberando la energia." msgid "RAH_SC_FAQ_QF" msgstr "Porqué las proteinas se pliegan en estructuras unicas?" msgid "RAH_SC_FAQ_AF" msgstr "Se reconoce que desde hace un tiempo que el estado nativo de la mayoria de las proteinas se encuentra en un minimo termodinamico. Dicho en Castellano, significa que la forma unica de una proteina es la del estado mas estable que pueda adoptar. Imagine una pelota en un embudo - la pelota rodara siempre hacia el fondo del embudo, porque ese es el estado mas estable." msgid "RAH_SC_FAQ_QG" msgstr "Que fuerzas determinan la estructura nativa unica (mas estable) de la proteina?" msgid "RAH_SC_FAQ_AG" msgstr "La secuencia de amino acidos es suficiente para determinar el estado nativo de la proteina. Debido a sus diferentes propriedades quimicas, algunos amino acidos se atraen entre ellos (por ejemplo, amino acidos cargados opuestamente), y de tal manera se asociaran; otros amino acidos intentaran evitar el agua (porque son grasos) de tal manera de conducir la proteina a adoptar una forma compacta que impide al agua de contactar la mayoria de los amino acidos que se \"esconden\" en el nucleo de esta proteina compacta." msgid "RAH_SC_FAQ_QH" msgstr "Porqué es tan dificil de determinar la estructura nativa de una proteina?" msgid "RAH_SC_FAQ_AH" msgstr "Incluso las pequenas proteinas pueden consistir en 100 amino acidos. La cantidad de conformaciones potenciales disponibles a una (relativamente) pequena proteina es astronomica, porque hay tantos grados de libertad. Calcular la energia de cada estado posible (de manera tal que podamos deducir cual es el estado mas estable) es un problema informatico no facil de resolver. El problema crece exponencialmente con el tamano de la proteina. Algunas proteinas humanas son inmensas (1000 amino acidos)." msgid "RAH_SC_FAQ_QI" msgstr "Asi es que como resuelve Rosetta este problema?" msgid "RAH_SC_FAQ_AI" msgstr "La filosofia de Rosetta es de utilizar al mismo tiempo una comprension de las propriedades quimico-fisicas de los diferentes tipos de interacciones de los amino acidos, y un conocimiento de cuales son las probables conformaciones locales que adoptaran pequenas porciones de amino acidos dentro de una proteina, limitando el espacio de busqueda, y evaluar la energia de diferentes conformaciones posibles. Experimentando con muestras suficientes de conformaciones, Rosetta puede descubrir la energia la mas baja, la estructura nativa la mas estable de una proteina." msgid "RAH_SC_FAQ_QJ" msgstr "Porqué la computacion distribuida es necesaria para la prediccion de estructura de Rosetta?" msgid "RAH_SC_FAQ_AJ" msgstr "En muchos casos donde la estructura nativa de la proteina ya es conocida, nos hemos dado cuenta que la funcion de energia de Rosetta puede reconocer el estado nativo como el mas estable entre los otros estados muestrados. Sin embargo, comenzando a partir de una conformacion aleatoria, hemos observado que el estado nativo nunca se encuentra en la muestra. Aplicando mas poder de calculo al problema, podemos examinar muchas mas muestras de conformaciones, y experimentar diferentes estrategias de investigacion para determinar cual es la mas efectiva." msgid "RAH_SC_FAQ_QK" msgstr "Como beneficiara $PROJECT la ciencia medical?" msgid "RAH_SC_FAQ_AK" msgstr "Por favor consulte nuestra pagina %sDisease Related Research%s para informacion sobre como Rosetta esta siendo aplicado a problemas medicales.\" " ################################# # rah_medical_relevance.php ################################# msgid "RAH_MED_COM_A" msgstr "Comentarios por David Baker" msgid "RAH_MED_COM_B" msgstr "Mi grupo de investigacion esta implicado tanto en la investigacion de metodos fundamentales de desarrollo como en la lucha directa contra la enfermedad. La mayoria de la informacion en este sitio se centra en la investigacion de base, pero he pensado que ustedes pueden estar interesados en las investigaciones relacionadas a enfermedades que efectuamos y que usted estara contribuyendo a traves de $PROJECT." msgid "RAH_MED_MALARIA" msgstr "Malaria: Somos parte de un proyecto de colaboracion encabezado por Austin Burt en el Imperial College de Londres que es parte de uno de los proyectos de Gates Foundation \"Grand Challenge Projects in Global Health\". La Malaria es causada por una parasito que pasa una parte de su ciclo de vida dentro del mosquito, y se transfiere al ser humano por picaduras de mosquito. La idea del proyecto es hacer que los mosquitos se vuelvan resistentes al parasito eliminando los genes necesarios en el mosquito que permiten que el parasito viva. Nuestra aporte a este proyecto es la utilizacion de nuestros metodos de concepcion basados en la computacion (ROSETTA) para concebir nuevas enzimas que seran dirigidos especificamente a inactivar esos genes.\" " msgid "RAH_MED_ANTHRAX" msgstr "Antrax: Estamos usando ROSETTA para ayudar el grupo de investigacion de John Collier en Harvard a construir modelos de toxinas de antrax que deberian contribuir al desarrollo de tratamientos. Usted puede leer un extracto de un articulo que describe una parte de este trabajo en %s" msgid "RAH_MED_HIV" msgstr "HIV: Una de las razones por las cuales el virus HIV/AIDS es tan mortal es porque ha evolucionado de manera a enganar el sistema inmunologico. Estamos colaborando con investigadores en Seattle y en el NIH (National Institut Health) en la concepcion de una vacuna para el HIV/AIDS. Nuestro rol en este proyecto es central - estamos usando ROSETTA para disenar pequenas proteinas que indiquen la pequena cantidad de regiones criticas en la superficie de la proteina de HIV/AIDS de manera tal que el sistema inmunologico pueda facilmente reconocerlas y generar anticuerpos. Nuestra meta es crear vacunas de pequenas proteinas estables que puedan ser fabricadas a bajo costo y distribuidas a todo el mundo.\" " msgid "RAH_MED_OV" msgstr "Otros virus: Hemos estado colaborando con el laboratorio de Pam Bjorkman en Cal Tech para usar la metodologia del enlace proteina- proteina utilizado por ROSETTA para construir modelos de proteinas del virus herpes simplex combinado con proteinas humanas." msgid "RAH_MED_ALZH" msgstr " La enfermedad de Alzheimer: La enfermedad de Alzheimer y muchas otras enfermedades son probablemente causadas por un plegamiento aberrante de proteinas en el cual las proteinas forman un gran conglomerado de estructuras llamadas amiloïdes en vez de plegarse en sus estados normales biologicamente activos. Recientemente un gran avance ha sido realizado por el grupo de investigacion de David Eisenberg de la UCLA, al resolver la primera estructura de un amiloïde. Estamos colaborando con su grupo de investigacion utilizando la estructura para predecir que partes de las proteinas son susceptibles de desarrollar amiloïdes, lo cual seria un primer paso para bloquear la formacion de amiloïdes, y esperamos, las enfermedades relacionadas." msgid "RAH_MED_CANCER" msgstr "Cancer: El cancer puede ser causado por mutaciones en genes claves que perturban losl procesos de control de las celulas normales. Estamos desarrollando métodos para cortar el ADN en lugares especificos del genoma, y estaremos apuntando a sitios que estan implicados en el cancer. Luego que estos lugares hayan sido cortados, deberian ser reparados por la celula utilizando una segunda copia no mutada del gene, y la celula no debiera ser mas cancerosa. Esta es una forma muy especifica de terapia genetica que, si exitosa, esquivaria una de las principales objeciones a los actuales metodos de terapia genetica; concretamente, los métodos actuales introducen una copia no mutada de un gene aleatoriamente en el genoma; y si sucediese que el punto de insercion se encontrase cerca de un oncogeno, la terapia genetica sanaria una enfermedad pero produciria otra. Porque nuestros métodos seran dirigidos a lugares especificos en vez de aleatorios, debiesen evitar esta trampa." msgid "RAH_MED_PC" msgstr "Cancer de la Prostata: El receptor androgeno (AR) liga la testosterona y es responsable del desarrollo normal del hombre. Cuando el AR se vuelve hipersensitivo a la testosterona, el resultado es el cancer a la prostata. El tratamiento actual para el cancer a la prostata, llamada terapia hormonal, implica la disminucion de la cantidad de testosterona disponible (a veces por castracion). Sin embargo, muchos tumores malignos son resistentes a esta terapia, de modo que estamos aplicando nuestra metodologia de diseno de proteinas en encontrar diferentes formas de inhibir el AR y de tratar el cancer a la prostata. Especificamente, intentamos disenar proteinas que desactivaran el AR incluso en la presencia de testosterona. Estamos haciendo esto a través del diseno de proteinas que impediran al AR de entrar en el nucleo de la celula ( lugar donde hace su trabajo sucio), y tambien impedirle de liarse al ADN y de activar genes especificos a tumores incluso si lograse entrar en el nucleo." msgid "RAH_MED_EXP" msgstr "Los proyectos mencionados mas arriba no estan funcionando actualmente en BOINC porque aun no poseemos un sistema de fila de espera que permitiria a los cientificos de someter sus trabajos de una forma simple, pero esperense a verlos pronto! También, estén seguros que los calculos de prediccion de estructuras actualmente funcionando en sus ordenadores tendran un impacto directo en el tratamiento de las enfermedades. Hay una explicacion en tres parte de esta relacion directa entre prediccion de estructuras y tratamiento de enfermedades:" msgid "RAH_MED_EXP_A" msgstr "1. La prediccion de estructuras y el diseno de proteinas estan estrechamente relacionados." msgid "RAH_MED_EXP_B" msgstr "Los progresos en la prediccion de estructuras llevan a progresos en el diseno de proteinas, lo cual puede manifestarse directamente en la concepcion de nuevas enzimas, vacunas, etc... Para mas informacion sobre diseno de proteinas, puede consultar las revistas que hemos recientemente publicado y que estan disponibles en nuestra pagina de bienvenida %s.

Schueler-Furman, O., Wang, C., Bradley, P., Misura, K., Baker, D. (2005). Progress in modeling of protein structures and interactions Science 310, 638-642." msgid "RAH_MED_EXP_C" msgstr "2. La prediccion de estructuras identifica objetivos para nuevos medicamentos." msgid "RAH_MED_EXP_D" msgstr "Cuando predecimos las estructuras para las proteinas en el genoma humano en gran escala, aprendemos sobre las funciones de las proteinas, lo cual ayuda a comprender como trabajan las celulas y como es que aparece la enfermedad. Dicho de otra forma, seremos capaces de identificar nuevos objetivos potenciales para medicamentos para los cuales pequenas moleculas inhibidoras (medicamentos) podran ser disenadas. Para integrar esto en el contexto, uno de los mayores impedimentos para el desarrollo de nuevos tratamientos para las enfermedades humanas es la identificacion de nuevos 'lugares' drogables en la proteina. Hoy en dia, la mayoria de los nuevos medicamentos interactuan en los mismos 'lugares' que lo hacian los antiguos medicamentos, de manera que estos nuevos medicamentos aportan un leve progreso en el tratamiento de las enfermedades. La prediccion de estructuras nos ayuda a identificar nuevos 'sitios' drogables en la proteina, y nos ayudara a encontrar nuevos y quizas revolucionarios tratamientos para las enfermedades." msgid "RAH_MED_EXP_E" msgstr "3. La prediccion de estructuras nos permite de utilizar el 'diseno racional' para crear nuevas drogas." msgid "RAH_MED_EXP_F" msgstr "Si conocemos la estructura de la proteina, podemos determinar sus sitios funcionales, y apuntar especificamente esos sitios para ser inactivados por un nuevo medicamento. Los calculos para llegar a saber si una pequena molecula (medicamento) se liara e inactivara un lugar de la proteina es similar en muchas maneras a los calculos de prediccion de estructuras que realizamos aqui - es basicamente el problema de encontrar la estructura de proteina de mas baja energia mas un sistema de medicacion - por lo cual hemos recientemente desarrollado un nuevo modulo en ROSETTA para resolver este problema de enlace. Los resultados son muy prometedores, y en el futuro proximo sus ordenadores estaran probablemente trabajando calculos de enlaces de medicamentos por los proyectos descritos mas arriba sobre diseno terapeutico de la proteina y vacunas, en adicion a los calculos de plegamiento de proteinas que estan efectuando ahora." ######################################## # rah_graphics.php ####################################### msgid "RAH_VIZ_TITLE" msgstr "Guia rapida de Rosetta y de sus graficos" msgid "RAH_VIZ_ABOUT" msgstr "Sobre Rosetta" msgid "RAH_VIZ_A" msgstr "Una de las metas principales de Rosetta es de predecir las formas en que las proteinas se pliegan en la naturaleza. Las proteinas son moleculas lineares polimeras formadas por amino acidos monomeros y a menudo se refiere a ellas como \"cadenas\". Los amino acidos pueden ser considerados como los \"enlaces\" en una \"cadena\" proteica. He aqui una simple analogia: Al considerar una cadena metalica, esta puede tomar formas diversas segun la fuerza aplicada. Por ejemplo, si usted tira desde las extremidades, la cadena tomara una forma rectilinea, y si deja caer la cadena en el suelo, tomara una forma unica. A la diferencia de las cadenas metalicas que son formadas por enlaces identicos, las proteinas son formadas por 20 amino acidos diferentes y cada una posee propriedades unicas (por ejemplo: forma y fuerza de atraccion y repulsion diferentes), y en combinacion, los amino acidos ejercen fuerzas sobre la cadena que la hacen adoptar una forma especifica, lo cual llamamos\"plegamiento\". El orden por el cual los amino acidos se enlazan determina el plegamiento de la proteina. Hay varios tipos de proteinas que varian en la cantidad y en el orden de sus amino acidos." msgid "RAH_VIZ_B" msgstr "Para predecir la forma que una proteina particular adoptara en la naturaleza, lo que realmente estamos tratando de hacer es encontrar el plegamiento con la energia mas baja. La energia es determinada por una cantidad de factores. Por ejemplo, algunos amino acidos se atraen entre ellos de manera que cuando estan cerca en el espacio, su interaccion provee una contribucion favorable a la energia. La estrategia de Rosetta para encontrar formas de baja energia se parece a esto:" msgid "RAH_VIZ_C" msgstr "<1> Comienze con una cadena completamente estirada (como una cadena que es tirada por sus extremos). <2> Mueva una parte de la cadena para crear una nueva forma. <3> Calcule la energia de la nueva forma. <4> Acepte o rechaze el movimiento segun el cambio en la energia. <5> Repita las operaciones del 2 al 4 hasta que cada parte de la cadena haya sido movida varias veces." msgid "RAH_VIZ_D" msgstr "Llamamos esto una trayectoria. El resultado final de una trayectoria es una estructura predecida. Rosseta enregistra la forma de energia mas baja encontrada en cada trayectoria. Cada trayectoria es unica, ya que los movimientos efectuados son determinados por un numero aleatorio. No siempre encuentran la misma forma de baja energia porque existen tantas posibilidades." msgid "RAH_VIZ_E" msgstr "Una trayectoria puede consistir en dos etapas. La primera etapa utiliza una representacion simplificada de los amino acidos, la cual nos permite de probar rapidamente muchas formas posibles diferentes. Esta etapa es considerada como una busqueda a baja resolucion y en el salvapantalla o economizador de pantalla usted podra ver la cadena de proteina moverse bastante rapido. En la segunda etapa, Rosetta utiliza una representacion completa de amino acidos. Esta estapa es llamada de \"relajacion.\". En vez de moverse mucho, la proteina prueba pequenos cambios en un intento de mover los amino acidos a su posicion correcta. Esta etapa es considerada como una busqueda a alta resolucion y en el salvapantalla o economizador de pantalla usted podra observar la cadena de proteina moverse discretamente. Rosetta puede realizar la primera etapa en unos pocos minutos en un ordenador moderno. La segunda etapa toma mas tiempo debido a la complejidad creciente ya que considera la representacion completa (todos los atomos) de los amino acidos." msgid "RAH_VIZ_F" msgstr "Su ordenador normalmente genera 5 a 20 de estas trayectorias (por unidad de trabajo) y luego envia de vuelta la forma de energia mas baja obtenida en cada una de estas trayectorias. Nosotros luego observamos todas las formas de baja energia, generadas por todos sus ordenadores, para encontrar la forma de energia la mas baja de todas. Esta pasa a ser nuestra prediccion para el plegamiento de esa proteina." msgid "SCREEN_SAVER" msgstr "Economizador de pantalla" msgid "RAH_VIZ_SS" msgstr "

El economizador de pantalla muestra el progreso de cada trayectoria en tiempo real:

Hay 4 compartimientos mostrando la forma de la cadena proteica.\" " msgid "RAH_VIZ_SEARCH" msgstr "\"Searching...\" muestra los movimiento que Rosseta trata de aplicar a la cadena. Usted puede ver la forma de la cadena siguiendo los colores del arco iris que van del azul al rojo." msgid "RAH_VIZ_ACCEPTED" msgstr "\"Accepted\" muestra el movimiento aceptado mas reciente." msgid "RAH_VIZ_LOW" msgstr "\"Low Energy\" muestra la forma de energia mas baja obtenida en la trayectoria en curso." msgid "RAH_VIZ_NATIVE" msgstr "\"Native\" muestra la verdadera forma de la proteina obtenida experimentalmente, si ésta es conocida." msgid "RAH_VIZ_G" msgstr "También hay dos graficos y un trazado que indican la energia y el rmsd de cada movimiento aceptado." msgid "RAH_VIZ_ACCEPTED_E" msgstr "\"Accepted Energy\" es un grafico mostrando la energia de cada movimiento aceptado en esta trayectoria. (el eje-x representa el avance en la trayectoria, el eje-y representa la energia)." msgid "RAH_VIZ_RMSD" msgstr "\"RMSD\" indica cuan cerca esta la estructura aceptada actual de la respuesta correcta. (El eje-x representa el RMSD, el eje-y representa el progreso en el trabajo.)" msgid "RAH_VIZ_RMSD_E" msgstr "El ultimo compartimiento, hacia el lado inferior derecho, muestra la energia y el RMSD de cada movimiento aceptado. Estos son los mismos tipos de graficos mostrados en la pagina %stop predictions%s. A la excepcion que ahora usted los esta viendo para cada movimiento *aceptado* durante la trayectoria. Los graficos que se encuentran en la pagina de las mejores predicciones son compuestos unicamente por los plegamientos de baja energia de cada trayectoria." ######################################### # rah_research.php ######################################## msgid "RAH_RESEARCH_TITLE_A" msgstr "Prediccion y Diseno de Estructuras e Interacciones Macromoleculares" msgid "RAH_RESEARCH_INFO" msgstr "Para informacion sobre $PROJECT, %click here%s" msgid "RAH_RESEARCH_INTRO_A" msgstr "La meta de nuestra investigacion actual es desarrollar un modelo perfeccionado de interacciones intra e intermoleculares y de utilizar este modelo para predecir y disenar estructuras e interacciones macromoleculares. Las aplicaciones de prediccion y diseno, que pueden ser de gran interes biologico por si mismas, tambien proveen de pruebas objetivas y rigurosas que hacen progresar el modelo y aumentan la comprension fundamental." msgid "RAH_RESEARCH_INTRO_B" msgstr "We use a computer program called Rosetta to carry out protein and design calculations. At the core of Rosetta are potential functions for computing the energies of interactions within and between macromolecules, and methods for finding the lowest energy structure for an amino acid sequence (protein-structure prediction) or a protein-protein complex and for finding the lowest energy amino acid sequence for a protein or protein-protein complex (protein design). Feedback from the prediction and design tests is used continually to improve the potential functions and the search algorithms. Development of one computer program to treat these diverse problems has considerable advantages: first, the different applications provide complementary tests of the underlying physical model (the fundamental physics/physical chemistry is, of course, the same in all cases); second, many problems of current interest, such as flexible backbone protein design and protein-protein docking with backbone flexibility, involve a combination of the different optimization methods." msgid "RAH_RESEARCH_DESIGN_TITLE" msgstr "Diseno de Estructura de Proteina" msgid "RAH_RESEARCH_DESIGN_A" msgstr "Over the past several years, we have used our computational protein design method to stabilize dramatically several small proteins by redesigning every residue of their sequences, to redesign protein backbone conformation, to convert a monomeric protein to a strand-swapped dimer, and to thermostabilize an enzyme. A highlight was the redesign of the folding pathway of protein G, a small protein containing two beta-hairpins separated by an alpha-helix. In the naturally occurring protein, the first hairpin is disrupted and the second hairpin is formed at the rate limiting step in folding. In a redesigned variant in which the first hairpin is significantly stabilized and the second hairpin destabilized, the order of events is reversed: the first hairpin is formed and the second hairpin disrupted in the folding transition state. The ability to redesign protein-folding pathways rationally shows that our understanding of the determinants of protein folding has advanced considerably." msgid "RAH_RESEARCH_DESIGN_B" msgstr "Particularly exciting recently is the creation of novel proteins with arbitrarily chosen three-dimensional structures. We developed a general computational strategy for creating these protein structures that incorporates full backbone flexibility into rotamer-based sequence optimization. This was accomplished by integrating ab initio protein structure prediction, atomic-level energy refinement, and sequence design in Rosetta. The procedure was used to design a 93-residue protein called TOP7 with a novel sequence and topology. TOP7 was found to be monomeric and folded, and the x-ray crystal structure of TOP7 is strikingly similar (RMSD = 1.2 Å; see right panel of Figure 1) to the design model. The design of a new globular protein fold and the close correspondence of the crystal structure to the design model have broad implications for protein design and protein-structure prediction and open the door to the exploration of the large regions of the protein universe not yet observed in nature." msgid "RAH_RESEARCH_DESIGN_PPI_TITLE" msgstr "Disenos de Interacciones Proteina-Proteina" msgid "RAH_RESEARCH_DESIGN_PPI_A" msgstr "To extend these methods to protein-protein interactions and particularly to the redesign of interaction specificity, we chose the high-affinity complex between colicin E7 DNase and its cognate inhibitory immunity protein as a model system. We used the physical model described above and a modification of our rotamer search-based computational design strategy to generate novel DNase-inhibitor protein pairs predicted to interact tightly with one another but not with the wild-type proteins. The designed protein complexes have subnanomolar affinities, are functional and specific in vivo, and have more than an order of magnitude affinity difference between cognate and noncognate pairs in vitro. This approach should be applicable to the design of interacting protein pairs with novel specificities for delineating and reengineering protein interaction networks in living cells." msgid "RAH_RESEARCH_DESIGN_PPI_B" msgstr "In collaboration with the research groups of Barry Stoddard and Ray Monnat (%sFred Hutchinson Cancer Research Center%s), we generated an artificial, highly specific endonuclease by fusing domains of homing endonucleases I-DmoI and I-CreI through computational optimization of a new domain-domain interface between these normally noninteracting proteins. The resulting enzyme, E-DreI (Engineered I-DmoI/I-CreI), binds a long chimeric DNA target site with nanomolar affinity, cleaving it precisely at a rate equivalent to its natural parents. We are currently trying to generate new endonucleases by extending our design methodology to protein--nucleic acid interfaces to redesign the protein-DNA interface." msgid "RAH_RESEARCH_DESIGN_PPI_C" msgstr "In both of these systems it has been possible to determine x-ray crystal structures of the designed complexes. As in the TOP7 case, the actual structures are very close to the design models (Figure 1, left panel), which validates the accuracy of our approach to high-resolution modeling." msgid "RAH_RESEARCH_PRED_PS_TITLE" msgstr "Prediction of Protein Structure" msgid "RAH_RESEARCH_PRED_PS_A" msgstr "The picture of protein folding that motivates our approach to ab initio protein tertiary structure prediction is that sequence-dependent local interactions bias segments of the chain to sample distinct sets of local structures, and that nonlocal interactions select the lowest free-energy tertiary structures from the many conformations compatible with these local biases. In implementing the strategy suggested by this picture, we use different models to treat the local and nonlocal interactions. Rather than attempting a physical model for local sequence-structure relationships, we turn to the protein database and take the distribution of local structures adopted by short sequence segments (fewer than 10 residues in length) in known three-dimensional structures as an approximation to the distribution of structures sampled by isolated peptides with the corresponding sequences." msgid "RAH_RESEARCH_PRED_PS_B" msgstr "The primary nonlocal interactions considered are hydrophobic burial, electrostatics, main-chain hydrogen bonding, and excluded volume. Structures that are simultaneously consistent with both the local sequence structure biases and the nonlocal interactions are generated by using simulated annealing to minimize the nonlocal interaction energy in the space defined by the local structure distributions." msgid "RAH_RESEARCH_PRED_PS_C" msgstr "Rosetta has been tested in the biannual %sCASP%s (critical assessment of structure prediction) experiments in which predictors are challenged to make blind predictions of the structures adopted by protein sequences whose structures have been determined but not yet published. Since CASP3 in 1998, Rosetta has consistently been the top performing method for ab initio prediction, as reported by independent assessors. In the CASP4 experiment, for example, Rosetta was tested on 21 proteins. The predictions for these proteins, which lack detectable sequence similarity to any protein with a previously determined structure, were of unprecedented accuracy and consistency. (Some examples are shown in Figure 2.) Excellent predictions were also made in the CASP5 and CASP6 experiments. Encouraged by these promising results, we generated models for all large protein families fewer than 150 amino acids in length." msgid "RAH_RESEARCH_PRED_PS_D" msgstr "A highlight of CASP6 was the first de novo blind prediction that used our high-resolution refinement methodology to achieve close to high-resolution accuracy. The relatively short sequence (76 residues) allowed us to apply our all-atom refinement methodology not only to the native sequence but also to the sequence of many homologs. The center of the lowest energy cluster of structures turned out to be remarkably close to the native structure (1.5 Å; Figure 3). The-high resolution refinement protocol decreased the RMSD from 2.2 Å to 1.5 Å, and the side chains pack in a somewhat native-like manner in the protein core (Figure 3, right panel)." msgid "RAH_RESEARCH_PRED_PS_E" msgstr "We have extended the Rosetta ab initio structure prediction strategy to the problem of using limited experimental data to generate models of proteins. By incorporating chemical shift and NOE information and more recently dipolar coupling information into the Rosetta structure generation procedure, we have been able to generate much more accurate models than with ab initio structure prediction alone or when using the same limited data sets with conventional nuclear magnetic resonance (NMR) structure generation methodology. An exciting recent development is that the Rosetta procedure can also take advantage of unassigned NMR data and hence circumvent the difficult and tedious step of assigning NMR spectra." msgid "RAH_RESEARCH_PRED_PS_F" msgstr "The Rosetta ab initio structure prediction method, the Rosetta-based NMR structure determination method, and a new method for comparative modeling that uses the Rosetta de novo approach to model the parts of a structure (primarily long loops) that cannot be modeled accurately based on a homologous structure template have all been implemented in a public server called %sRobetta%s. This server, which has a constant backlog of users worldwide, was one of the best all-around fully automated structure prediction servers in the CASP5 and CASP6 tests." msgid "RAH_RESEARCH_PRED_PPI_TITLE" msgstr "Prediction of Protein-Protein Interactions" msgid "RAH_RESEARCH_PRED_PPI_A" msgstr "For a number of years we have worked on protein structure refinement, a challenging problem because of the large number of degrees of freedom. We became interested in protein-protein docking because, with the approximation that the two partners do not undergo significant conformational changes during docking, the space to be searched -the six rigid-body degrees of freedom in addition to the side-chain degrees of freedom- is much smaller. While important in its own right, this problem is a good stepping stone to the harder structure refinement problem." msgid "RAH_RESEARCH_PRED_PPI_B" msgstr "We developed a new method to predict protein-protein complexes from the coordinates of the unbound monomer components. This method employs a low-resolution, rigid-body, Monte Carlo search followed by simultaneous optimization of backbone displacement and side-chain conformations with the Monte Carlo minimization procedure and physical model used in our high-resolution structure prediction work. The simultaneous optimization of side-chain and rigid-body degrees of freedom contrasts with most other current approaches, which model protein-protein docking as a rigid-body shape-matching problem, with the side chains kept fixed. We have recently improved the method (RosettaDock) by developing an algorithm that allows efficient sampling of off-rotamer side-chain conformations during docking." msgid "RAH_RESEARCH_PRED_PPI_C" msgstr "The power of RosettaDock was highlighted in the recent blind %sCAPRI%s protein-protein docking challenge that was held in December 2004. In CAPRI, predictors are given the structures of two proteins known to form a complex, and challenged to predict the structure of the complex. RosettaDock predictions for targets without significant backbone conformational changes were striking, as shown in Figure 4. Not only were the rigid-body orientations of the two partners predicted nearly perfectly but also almost all the interface side chains were modeled very accurately. These correct models clearly stood out as lower in energy than all other models we generated, which suggests the potential function is reasonably accurate." msgid "RAH_RESEARCH_PRED_PPI_D" msgstr "These promising results suggest that the method may soon be useful for generating models of biologically important complexes from the structures of the isolated components, and more generally suggest that high-resolution modeling of structures and interactions is within reach. A clear goal for our monomeric structure prediction work is to approach the level of accuracy of these models." msgid "RAH_RESEARCH_IMPROV_TITLE" msgstr "Improvement of Physical Model" msgid "RAH_RESEARCH_IMPROV" msgstr "Our current approach to improving energy functions involves a combination of quantum chemistry calculations on simple model compounds, traditional molecular mechanics approaches, and protein structural analysis. We have used such an approach to develop an improved hydrogen-bonding potential. A particularly notable result is that the orientation dependence of the hydrogen bond in quantum chemistry calculations on formamide dimers is remarkably similar to that seen in side-chain--side-chain hydrogen bonds in protein structures but different from that in current molecular mechanics force fields, which neglect the covalent character of the hydrogen bond. Feedback from the prediction and design calculations has provided continual impetus and guidance for improving the energy function; for example, inadequacies in our treatment of protein-protein interactions have led to the recent development of a rotamer-based model for water-mediated hydrogen bonds." msgid "RAH_RESEARCH_FUTURE_TITLE" msgstr "Plans for the Future" msgid "RAH_RESEARCH_FUTURE_A" msgstr "Our prediction and design methods have now reached the point where they can be applied to important biological problems. Particularly encouraging after years of work on high-resolution modeling are the close to atomic resolution predictions of the structures of complexes in CAPRI (Figure 4), the 1.5-Å de novo prediction in CASP6 (Figure 3), and the close agreement of the TOP7 (Figure 1, right) and protein-protein interface design models (Figure 1, left) with the x-ray crystal structures. These results suggest that high-resolution modeling is starting to work." msgid "RAH_RESEARCH_FUTURE_B" msgstr "In the next several years, we aim to improve and extend our methods. We are particularly focused on improving the accuracy of high-resolution structure prediction (which will be required if the models are to be generally useful). To accomplish this, we will work to improve the underlying physical model and the sampling methodology. We are also developing improved methods to predict and redesign protein-DNA interaction specificity, and extending our protein design methodology to the design of enzymes that catalyze chemical reactions not catalyzed by naturally occurring proteins." msgid "RAH_RESEARCH_END" msgstr "Please visit our web site at %s for additional information including a list of our research publications." msgid "RAH_RESEARCH_FIG_A" msgstr "Figure 1: Design of proteins and protein-protein interactions with high-resolution accuracy. Comparison of design model and crystal structure of (left) interface of novel designed endonuclease with new DNA cleavage specificity, and (right) the de novo designed protein TOP7.

Left panel, Tanja Kortemme. Right panel, Gautam Dantas." msgid "RAH_RESEARCH_FIG_B" msgstr "Figure 2: Blind protein structure predictions from CASP3 and CASP4.

A: Left, crystal structure of the MarA transcription factor bound to DNA; right, our best submitted model in CASP3.Despite many incorrect details, the overall fold is predicted with sufficient accuracy to allow insights into the mode of DNA binding.

B: Left, the crystal structure of bacteriocin AS-48; middle, our best submitted model in CASP4; right, a structurally and functionally related protein (NK-lysin) identified using this model in a structure-based search of the Protein Data Bank (PDB). The structural and functional similarity is not recognizable using sequence comparison methods (the identity between the two sequences is only 5 percent).

C: Left, crystal structure of the second domain of MutS; middle, our best submitted model for this domain in CASP4; right, a structurally related protein (RuvC) with a related function recognized using the model in a structure-based search of the PDB. The similarity was not recognized using sequence comparison or fold recognition methods.

Image: Rich Bonneau" msgid "RAH_RESEARCH_FIG_C" msgstr "Figure 3: The first close to atomic-level resolution, blind ab initio structure prediction-CASP6 T281. The high-resolution refinement methodology described in the text produced a model 1.5-Å RMSD from the crystal structure (left panel), with aspects of the native side-chain packing (right panel).

Image: Phil Bradley" msgid "RAH_RESEARCH_FIG_D" msgstr "Figure 4: CAPRI (critical assessment of predicted interactions) protein-protein docking results. Superposition of predicted (blue) and x-ray (red and orange) protein complex structures. Green, a side chain whose conformation was correctly predicted to change upon complex formation. Upper panel, whole complex. Lower panel, details of the interface. In addition to the rigid-body orientation, the conformations of most of the side chains are predicted correctly.

Image: Ora Furman"